El Águilas Fútbol Club nace en verano de 2010 tras la desaparición del histórico Águilas Club de Fútbol por problemas económicos. Mientras el antiguo club se desvanecía, se formaba una junta para que el fútbol continuase en la localidad aguileña partiendo de la base de que todos los jugadores fueran aguileños. Con esa consigna, se producen en el Casino de Águilas una serie de reuniones ejercidas por empresarios y la concejalía de deportes para intentar crear un club de fútbol que sea el representativo de la ciudad, siendo muchos los aguileños que acuden a la llamada, pera serán tres los que finalmente decidan realizar un esfuerzo económico para sacar adelante el nuevo proyecto.
Para ello, los señores Francisco Javier Asensio Pérez, Felipe Cano Pallarés y Diego Rubio Hernández, conocidos todos por su pasado relacionado con el histórico club recién desaparecido, fijan su objetivo en otro club situado a más de cien kilómetros de distancia, concretamente el C.D. Alquerías, perteneciente a una pedanía de la capital murciana. Este club se constituye el 27 de agosto de 1992, siendo inscrito en el Registro de Entidades Deportivas el 15 de octubre de ese mismo año. Vistiendo enteramente de rojo y desde su feudo del Campo de "Los Pinos", logra ascender a Tercera División la temporada 1995/96 tras ser tercero, logrando permanecer en esta seis temporadas consecutivas y destacando un séptimo puesto la temporada de su debut. Tras cinco años en Preferente, la temporada 2007/08 juega nuevamente en Tercera División, no pudiendo mantener la categoría al ser decimonoveno. La sesión 2009/10 será decimosegundo en Regional Preferente.
Llegado a un acuerdo con la directiva del C.D. Alquerías para tomar las riendas de esta sociedad y trasladar su domicilio social hasta Águilas previo pago de 5.000€, se logra inscribir al equipo en Regional Preferente en el último día de plazo y se anuncia el 30 de julio de 2010 la creación del nuevo Águilas Fútbol Club que, al igual que su predecesor recién extinguido, vestirá los colores de este. El ahora club aguileño juega sus encuentros durante la sesión 2010/11 todavía inscrito como C.D. Artel-Alquerías y bajo la denominación de C.D.A. Águilas F.C., (según consta en la FFRM), dado que el cambio de nombre se efectúa fuera de plazo y por cuestiones legales de adquisición de la plaza, debe mantenerse el nombre del primero o sus siglas durante al menos el primer año.
De otro lado, la Unión Deportiva Águilas, club fundado en 2009 que viste enteramente de azul y ocupa plaza en Preferente durante la temporada de su debut 2009/10 tras haber alquilado la plaza del Racing Promesas C.F. no es inscrito por deudas para la sesión 2010/11, por lo que la Federación alquila nuevamente su plaza al Thader Murcia F.C.
La nueva directiva se pone en marcha encabezada por Javier Asensio como presidente, acompañado por Carlos Juan Santana, Felipe Cano, Diego Rubio, Carlos Casanova y Antonio Rodríguez, entre otros. El equipo aguileño se forma con jóvenes de la localidad principalmente, con algunos jugadores de la anterior temporada procedentes del Águilas C.F. y de la A.C.R.E.F. Águilas, pero en su mayoría de la U.D. Águilas y del Sporting Club Aguileño, y entrenados por Íñigo Sáenz. El 15 de junio de 2011 se celebra una asamblea en que el todavía legalmente C.D. Alquerías cambia oficialmente su nombre por el de Águilas F.C., siendo validado el cambio de denominación en el Registro de Entidades Deportivas el 11 de noviembre.
Volviendo a los inicios, el 8 de agosto de 2010, el Águilas F.C. se presentaba ante sus aficionados en un partido amistoso contra La Hoya Lorca C.F. y el debut en competición tuvo lugar el 4 de septiembre de 2010 ante el Ciudad de Cieza, consiguiendo la primera victoria por 0-2. Antonio Gil fue el encargado de anotar el primer gol de este nuevo club. Ese mismo año, el club costero consiguió matemáticamente el ascenso a Tercera División en la jornada 30 tras vencer por 1-0 al A.D. Cotillas, siendo posteriormente campeón de liga en la jornada 37 y redondear así un año perfecto con solamente diez meses de vida, consiguiendo un total de 96 puntos, 30 partidos ganados, 6 empatados y 2 perdidos, y un saldo de 69 goles a favor y 18 en contra en 38 partidos.
En la temporada 2011/12, el Águilas F.C. seguía en su línea. La plantilla se reforzó para Tercera División, pero siempre manteniéndose fiel a su idea de formar con jugadores aguileños, transcurriendo mejor de lo que la directiva y afición podían pensar.
Lograron una histórica temporada quedando subcampeones del Grupo XIII de Tercera División, consiguiendo la clasificación para la promoción de ascenso a Segunda B, en la cual el club quedó a las puertas del ascenso, aunque eso sí, sin perder ninguno de los partidos de las eliminatorias. En la primera, venció a la U.D. Maracena 1-0 y 3-1 respectivamente. En la segunda eliminatoria, un empate 2-2 y una victoria 3-2 ante el Club Portugalete hacía soñar a la afición aguileña, pero la final de la fase de ascenso ante el Barakaldo C.F. se saldó con sendos empates, 0-0 en Lassesarre y 1-1 en El Rubial, quedándose el club costero a las puertas del ascenso.
Tras la magnífica temporada, Javier Asensio decidía dimitir del cargo para dejar en otras manos los mandos del club. Y fue tras varias semanas sin decisión, cuando Daniel “El tigre" Gilé se hacía con los mandos del club para que no desapareciera de nuevo y así seguir con el fútbol en Águilas.
En la temporada 2012/13, el Águilas F.C. acababa la temporada en el puesto 12 con 40 puntos, más cerca del descenso que del play-off. Pero en la temporada 2013/14 eso cambia, y el club vuelve a clasificarse para la promoción de ascenso a Segunda B, esta vez logrando un tercer puesto gracias al cual Águilas volvía a vivir una fase de ascenso. Poco duró la alegría, pues en el primer partido del play-off, un empate 1-1 y una derrota 0-1 contra el U.C. Ceares apeaban al Águilas F.C. de la siguiente ronda.
"El Tigre Gilé", dejó el club al finalizar la temporada en manos de una directiva distinta. Pedro López junto a otros importantes empresarios de la localidad y cercanías, llevaron los mandos del club costero durante dos temporadas más, consiguiendo una vez más en ambas, la clasificación para jugar la promoción de ascenso a Segunda B, donde el equipo cayó derrotado nuevamente.
En primera ronda de la fase de ascenso de la 2014/15, una victoria 1-0 y una derrota 1-0 llevaban la eliminatoria ante la Gimnástica de Torrelavega a los penaltis, donde el Águilas F.C. cayó 4-3. Y en la segunda, en la temporada 2015/16, el club consiguió superar la primera ronda tras superar a la S.D. Balmaseda F.C. con un empate 1-1 en la ida e imponiéndose en "El Rubial" por 2-1.En segunda ronda, cayó emparejado contra el C.D. Lagun Onak, llevándose la eliminatoria remontando el 1-0 de la ida al conseguir un 2-0 en Águilas. de nuevo la ilusión de un ascenso recorría el cuerpo de todos y cada uno de los aficionados aguileños, y a pesar del mal resultado en el partido de ida contra el San Fernando C.D. (3-1), la afición abarrotó "El Rubial" para vivir una tarde mágica, pero no pudo ser, el Águilas F.C. no pasó del empate. (1-1), haciendo un total de 4-2 en la eliminatoria.
Tras dos temporadas a los mandos, y con el bagaje de las dos promociones de ascenso consecutivas, la directiva decide dimitir ofreciendo el liderazgo a Juan Pablo García, el cual toma las riendas de un Águilas F.C. asentado como uno de los equipos a batir en Tercera División.
La temporada 2016/17 finaliza con el club aguileño en 3ª posición y clasificado nuevamente para el play-off de ascenso a Segunda B, pero nuevamente quedaría apeado de la promoción tras caer 2-1 en el global de la eliminatoria frente al Unionistas de Salamanca C.F. (1-0 en la ida y 1-1 en la vuelta).
Antes de finalizar la 2016/17, un empresario mexicano, Fernando Chavero, es quien queda al frente del club con un proyecto que pretende dar una estabilidad deportiva y social a la entidad, y en dicha temporada, el club logra un meritorio 7º puesto teniendo en cuenta el periodo de inestabilidad que vivió el club durante el cambio de directiva, donde la mayoría de jugadores, entre ellos muchos aguileños, decidieron salir del club buscando una estabilidad deportiva que no tenían en el Águilas F.C.
La temporada 2018/19 fue más estable en lo económico y social, y el club consiguió un 6º puesto con 74 puntos, luchando por acceder a los puestos de play-off hasta la última jornada y siendo el único equipo del grupo sin perder ni un solo partido en casa, con 16 victorias y 5 empates. Fuera de casa la imagen fue distinta, sin fortuna, consiguiendo únicamente 4 victorias, a las que se sumaron 9 empates y 8 derrotas.
En la actualidad, el Águilas confía en los jugadores aguileños, ya que la plantilla está ampliamente dominada por jugadores locales. Confiando en seguir escribiendo páginas en la historia, una historia, la del Águilas F.C. que continúa en una nueva temporada con la ilusión de conseguir importantes logros, y quién sabe si el ansiado ascenso a Segunda División B.
La vestimenta del Águilas F.C. para la temporada 2019/20 siguió la dinámica que seguía su antecesor, camiseta blanquiazul a rayas, pantalón azul y medias azules. Siendo la segunda equipación rojo burdeos con detalles en azul celeste, pantalón azul celeste y medias azul celeste. Como novedad esa temporada, Nike fue la marca que vistió al club gracias a un acuerdo de colaboración con la empresa alemana especializada en equipaciones y serigrafía Flyeralarm.
El sponsor principal fue Apostium.es (frontal de la camiseta y pantalón).
La temporada 2019/20 terminó antes de tiempo debido a la pandemia de coronavirus que asoló el planeta, temporada en la cual el club no terminaba de cuajar y ocupaban el puesto 16 en la clasificación.
En el verano de 2020, el empresario aguileño Alfonso García Gabarrón tomaba el control del Águilas F.C. El que fuera presidente de la U.D. Almería, habiéndole dado los mejores años e incluso llevado a Primera División desembarcaba en el club aguileño dispuesto a llevar el nombre de Águilas lo más alto posible. repliche rolex
Esta circunstancia puso fin a 3 años de mandato del empresario mexicano Fernando Chavero, al cual la ciudad de Águilas le estará enormemente agradecida, y provocando así un cambio radical en la estructura del club, así como en el estadio "El Rubial", en el cual se llevaron a cabo obras para la mejora de las instalaciones y como punto fuerte se aumentó el tamaño del terreno de juego, dotándolo de un césped profesional instalado por la empresa Royalverd, empresa reconocida en el mundo del fútbol, ya que también trabajan en estadios de primer nivel como son los "Juegos Mediterráneos" de Almería, "Butarque" de Leganés, "Benito Villamarín", estadio del Betis o incluso el "Wanda Metropolitano", casa del Atlético de Madrid.
Con la entrada de Alfonso García comienza una nueva etapa en la que el pueblo de Águilas espera con ilusión el inicio de la competición dar el todo por el todo para intentar conseguir el ansiado ascenso a la nueva competición llamada Segunda B - Segunda RFEF. El cual consigue alzándose además como campeón del grupo XIII de Tercera División tras una brillante temporada, cumpliendo así el objetivo marcado a principio de temporada.
La temporada 2021/22 comenzó ilusionante, el club se estrenaba en Segunda RFEF con ilusión, incluso en la jornada 4 ya lideraban el grupo V de la anteriormente citada categoría. Pero un cúmulo de circunstancias, empates y derrotas en los últimos minutos de los partidos, sumados a la inestabilidad que vivía el club con 2 cambios de entrenador llevaron al Águilas F.C. a disputar el play out por el descenso ante el Don Benito, partido disputado en La Nucía y que se perdió en una fatídica tanda de penaltis, la cual confirmó el descenso a Tercera RFEF tan solo unos meses después de haber conseguido el ascenso.
El regreso a Tercera RFEF en la 22/23, (ahora llamada Tercera Federación), no trajo consigo otra cosa que una nueva promesa de volver a la Segunda Federación por la vía rápida. Y así fue, tras una primera vuelta con momentos irregulares, en la que no se llegaba a alcanzar el primer puesto de la tabla (incluso con la sensación de ser casi imposible en algunas ocasiones debido al ritmo que llevaba el líder, el F.C. La Unión Atlético). Pero tras una segunda vuelta más que sobresaliente, el club aguileño consiguió alzarse con el título de campeón a falta de 5 jornadas para el final de la competición, certificando así el regreso a la Segunda Federación solamente una temporada después.
